Aufgrund einer neuen Funktion bei WhatsApp, mit der man seine Account-Daten angeblich mit denen von Facebook verknüpfen kann, glauben einige WhatsApp-Nutzer der Beta-Version, dass Facebook vorhat, Account-Daten aus Facebook und WhatsApp zusammenzuführen. Jedoch gibt es noch keine Informationen darüber, ob und wann diese Funktion überhaupt eingeführt werden, und wie die Verknüpfung im Detail aussehen soll.
Zwar hat Jan Koum, einer der Mitbegründer von WhatsApp, immer auf die Eigenständigkeit des Messenger hingewiesen, dennoch steht schon seit längerem in seinen Datenschutzrichtlinien, dass es möglich ist, dass Informationen mit Facebook ausgetauscht werden.
Auch wird bezweifelt, dass Facebook ganze Nachrichten von WhatsApp erhält, da diese mittlerweile komplett verschlüsselt übermittelt werden. Laut dem Blogger Cashy liegt jedoch schon eine deutsche Übersetzung der Funktion in der Beta-Version vor. Weiterhin beinhaltet die Neuerung angeblich zusätzliche Sicherheitseinstellungen, wodurch eine Verifizierung des Gesprächspartners möglich gemacht wird.
Als Facebook den Messenger 2014 für 19 Milliarden US-Dollar kaufte, waren viele Nutzer um ihre Daten und ihre Privatsphäre besorgt und suchten deshalb nach WhatsApp-Alternativen. Dennoch hatte die Übernahme keine negativen Folgen: Der Facebook-Messenger hat über 800, WhatsApp sogar über 900 Millionen Nutzer.